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（1）集約農業生態系統，特別是單一經營的高度專業化系統，缺乏時間和空間上的連續性。種植農作物的農場和經營單一畜禽的牧場相互分離，不像傳統農業那樣植物、動物相互利用廢棄物質和能量，因而物能不能充分利用。

　　從系統的結構來看，現代農業往往犧牲食物鏈作用所形成的草牧食物鏈。以大量的肥料能量的投入，縮短草牧食物鏈，以大量的物質離開農業系統而輸出，造成了系統有機質和養分的虧損。

　　（3）靠大量地投入機械、化肥、農藥和飼料添加劑來維持農業系統的高產量和高產出，破壞了自耕農在某種程度上保存的一種農業系統內部的“控制機制”。

　　（4）種間多樣性和種內異質性減低，系統的適應能力下降，使農業系統過分依賴于能源和人工控制，失去了自然力的“恩賜”。

　　總之,現代農業造成了人與自然的過分分離，其根本的問題在于它忽視了農業的特點。農業的特點在于：具有一定生態系統的自然條件為其必要的場所，生產對象是生物有機體。農業生產過程是對土地、生物、水、氣候等自然資源和自然條件的改造與利用的過程。農業自然資源很大部分是可更新資源，可以不斷補充，不斷消耗，又不斷恢復，形成良好的有機循環，持續地為人類提供愈來愈多的產品。只要農業的上述特點還未消失，就應該尊重它的生產流程的獨特性。可見，現代農業并不是農業發展的最終形式和最好方式。